This method visualises the hierarchical file structure of a BIDS project. The tree is converted to a dendrogram and drawn using base graphics. Large projects can be trimmed by setting a maximum depth.
Arguments
- x
A
bids_projectobject.- max_depth
Maximum depth of the tree to display. Defaults to
Infso the full hierarchy is shown.- ...
Additional arguments passed to
graphics::plot.
Examples
# \donttest{
tryCatch({
ds001_path <- get_example_bids_dataset("ds001")
proj <- bids_project(ds001_path)
plot(proj)
# Clean up
unlink(ds001_path, recursive=TRUE)
}, error = function(e) {
message("Example requires internet connection: ", e$message)
})
#> levelName
#> 1 bids_example_ds001
#> 2 °--raw
#> 3 ¦--sub-01
#> 4 ¦ ¦--func
#> 5 ¦ ¦ ¦--sub-01_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 6 ¦ ¦ ¦--sub-01_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 7 ¦ ¦ ¦--sub-01_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 8 ¦ ¦ ¦--sub-01_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 9 ¦ ¦ ¦--sub-01_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 10 ¦ ¦ °--sub-01_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 11 ¦ °--anat
#> 12 ¦ ¦--sub-01_T1w.nii.gz
#> 13 ¦ °--sub-01_inplaneT2.nii.gz
#> 14 ¦--sub-02
#> 15 ¦ ¦--func
#> 16 ¦ ¦ ¦--sub-02_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 17 ¦ ¦ ¦--sub-02_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 18 ¦ ¦ ¦--sub-02_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 19 ¦ ¦ ¦--sub-02_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 20 ¦ ¦ ¦--sub-02_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 21 ¦ ¦ °--sub-02_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 22 ¦ °--anat
#> 23 ¦ ¦--sub-02_T1w.nii.gz
#> 24 ¦ °--sub-02_inplaneT2.nii.gz
#> 25 ¦--sub-03
#> 26 ¦ ¦--func
#> 27 ¦ ¦ ¦--sub-03_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 28 ¦ ¦ ¦--sub-03_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 29 ¦ ¦ ¦--sub-03_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 30 ¦ ¦ ¦--sub-03_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 31 ¦ ¦ ¦--sub-03_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 32 ¦ ¦ °--sub-03_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 33 ¦ °--anat
#> 34 ¦ ¦--sub-03_T1w.nii.gz
#> 35 ¦ °--sub-03_inplaneT2.nii.gz
#> 36 ¦--sub-04
#> 37 ¦ ¦--func
#> 38 ¦ ¦ ¦--sub-04_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 39 ¦ ¦ ¦--sub-04_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 40 ¦ ¦ ¦--sub-04_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 41 ¦ ¦ ¦--sub-04_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 42 ¦ ¦ ¦--sub-04_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 43 ¦ ¦ °--sub-04_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 44 ¦ °--anat
#> 45 ¦ ¦--sub-04_T1w.nii.gz
#> 46 ¦ °--sub-04_inplaneT2.nii.gz
#> 47 ¦--sub-05
#> 48 ¦ ¦--func
#> 49 ¦ ¦ ¦--sub-05_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 50 ¦ ¦ ¦--sub-05_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 51 ¦ ¦ ¦--sub-05_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 52 ¦ ¦ ¦--sub-05_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 53 ¦ ¦ ¦--sub-05_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 54 ¦ ¦ °--sub-05_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 55 ¦ °--anat
#> 56 ¦ ¦--sub-05_T1w.nii.gz
#> 57 ¦ °--sub-05_inplaneT2.nii.gz
#> 58 ¦--sub-06
#> 59 ¦ ¦--func
#> 60 ¦ ¦ ¦--sub-06_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 61 ¦ ¦ ¦--sub-06_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 62 ¦ ¦ ¦--sub-06_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 63 ¦ ¦ ¦--sub-06_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 64 ¦ ¦ ¦--sub-06_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 65 ¦ ¦ °--sub-06_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 66 ¦ °--anat
#> 67 ¦ ¦--sub-06_T1w.nii.gz
#> 68 ¦ °--sub-06_inplaneT2.nii.gz
#> 69 ¦--sub-07
#> 70 ¦ ¦--func
#> 71 ¦ ¦ ¦--sub-07_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 72 ¦ ¦ ¦--sub-07_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 73 ¦ ¦ ¦--sub-07_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 74 ¦ ¦ ¦--sub-07_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 75 ¦ ¦ ¦--sub-07_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 76 ¦ ¦ °--sub-07_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 77 ¦ °--anat
#> 78 ¦ ¦--sub-07_T1w.nii.gz
#> 79 ¦ °--sub-07_inplaneT2.nii.gz
#> 80 ¦--sub-08
#> 81 ¦ ¦--func
#> 82 ¦ ¦ ¦--sub-08_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 83 ¦ ¦ ¦--sub-08_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 84 ¦ ¦ ¦--sub-08_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 85 ¦ ¦ ¦--sub-08_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 86 ¦ ¦ ¦--sub-08_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 87 ¦ ¦ °--sub-08_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 88 ¦ °--anat
#> 89 ¦ ¦--sub-08_T1w.nii.gz
#> 90 ¦ °--sub-08_inplaneT2.nii.gz
#> 91 ¦--sub-09
#> 92 ¦ ¦--func
#> 93 ¦ ¦ ¦--sub-09_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 94 ¦ ¦ ¦--sub-09_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 95 ¦ ¦ ¦--sub-09_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 96 ¦ ¦ ¦--sub-09_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 97 ¦ ¦ ¦--sub-09_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 98 ¦ ¦ °--sub-09_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 99 ¦ °--anat
#> 100 ¦ °--... 2 nodes w/ 0 sub
#> 101 °--... 7 nodes w/ 72 sub
# }