This function returns a flattened (non-hierarchical) representation of a BIDS project formatted as a data frame. It extracts file paths or file names from the BIDS tree structure, filtering for entries that start with "sub-" to focus on subject-level data.
Value
A data frame containing either full paths to files (if full_path=TRUE) or
just the file names (if full_path=FALSE). Each row represents one file in the BIDS project.
Examples
# \donttest{
# Get flat representation with full paths
tryCatch({
ds001_path <- get_example_bids_dataset("ds001")
proj <- bids_project(ds001_path)
flat_list(proj)
# Get flat representation with just file names
flat_list(proj, full_path=FALSE)
# Clean up
# Example datasets are cached; leave the cache in place.
}, error = function(e) {
message("Example requires internet connection: ", e$message)
})
#> name
#> 1 sub-01_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 2 sub-01_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 3 sub-01_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 4 sub-01_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 5 sub-01_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 6 sub-01_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 7 sub-01_T1w.nii.gz
#> 8 sub-01_inplaneT2.nii.gz
#> 9 sub-02_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 10 sub-02_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 11 sub-02_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 12 sub-02_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 13 sub-02_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 14 sub-02_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 15 sub-02_T1w.nii.gz
#> 16 sub-02_inplaneT2.nii.gz
#> 17 sub-03_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 18 sub-03_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 19 sub-03_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 20 sub-03_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 21 sub-03_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 22 sub-03_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 23 sub-03_T1w.nii.gz
#> 24 sub-03_inplaneT2.nii.gz
#> 25 sub-04_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 26 sub-04_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 27 sub-04_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 28 sub-04_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 29 sub-04_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 30 sub-04_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 31 sub-04_T1w.nii.gz
#> 32 sub-04_inplaneT2.nii.gz
#> 33 sub-05_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 34 sub-05_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 35 sub-05_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 36 sub-05_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 37 sub-05_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 38 sub-05_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 39 sub-05_T1w.nii.gz
#> 40 sub-05_inplaneT2.nii.gz
#> 41 sub-06_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 42 sub-06_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 43 sub-06_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 44 sub-06_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 45 sub-06_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 46 sub-06_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 47 sub-06_T1w.nii.gz
#> 48 sub-06_inplaneT2.nii.gz
#> 49 sub-07_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 50 sub-07_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 51 sub-07_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 52 sub-07_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 53 sub-07_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 54 sub-07_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 55 sub-07_T1w.nii.gz
#> 56 sub-07_inplaneT2.nii.gz
#> 57 sub-08_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 58 sub-08_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 59 sub-08_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 60 sub-08_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 61 sub-08_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 62 sub-08_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 63 sub-08_T1w.nii.gz
#> 64 sub-08_inplaneT2.nii.gz
#> 65 sub-09_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 66 sub-09_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 67 sub-09_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 68 sub-09_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 69 sub-09_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 70 sub-09_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 71 sub-09_T1w.nii.gz
#> 72 sub-09_inplaneT2.nii.gz
#> 73 sub-10_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 74 sub-10_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 75 sub-10_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 76 sub-10_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 77 sub-10_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 78 sub-10_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 79 sub-10_T1w.nii.gz
#> 80 sub-10_inplaneT2.nii.gz
#> 81 sub-11_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 82 sub-11_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 83 sub-11_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 84 sub-11_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 85 sub-11_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 86 sub-11_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 87 sub-11_T1w.nii.gz
#> 88 sub-11_inplaneT2.nii.gz
#> 89 sub-12_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 90 sub-12_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 91 sub-12_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 92 sub-12_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 93 sub-12_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 94 sub-12_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 95 sub-12_T1w.nii.gz
#> 96 sub-12_inplaneT2.nii.gz
#> 97 sub-13_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 98 sub-13_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 99 sub-13_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 100 sub-13_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 101 sub-13_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 102 sub-13_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 103 sub-13_T1w.nii.gz
#> 104 sub-13_inplaneT2.nii.gz
#> 105 sub-14_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 106 sub-14_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 107 sub-14_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 108 sub-14_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 109 sub-14_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 110 sub-14_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 111 sub-14_T1w.nii.gz
#> 112 sub-14_inplaneT2.nii.gz
#> 113 sub-15_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 114 sub-15_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 115 sub-15_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 116 sub-15_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 117 sub-15_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 118 sub-15_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 119 sub-15_T1w.nii.gz
#> 120 sub-15_inplaneT2.nii.gz
#> 121 sub-16_task-balloonanalogrisktask_run-01_bold.nii.gz
#> 122 sub-16_task-balloonanalogrisktask_run-01_events.tsv
#> 123 sub-16_task-balloonanalogrisktask_run-02_bold.nii.gz
#> 124 sub-16_task-balloonanalogrisktask_run-02_events.tsv
#> 125 sub-16_task-balloonanalogrisktask_run-03_bold.nii.gz
#> 126 sub-16_task-balloonanalogrisktask_run-03_events.tsv
#> 127 sub-16_T1w.nii.gz
#> 128 sub-16_inplaneT2.nii.gz
# }